APEI unterrichtet nur in Dörfern, in denen es keine staatlichen Schulen gibt und die Dorfbewohner sich Schulen wünschen. Der Unterricht erfolgt zweisprachig, in Ixil und in Spanisch.
Langfristiges Ziel ist, dass der Staat Guatemala überall selbst Schulen betreibt und die Arbeit von APEI überflüssig wird.
APEI legt Wert darauf, indianische Kultur zu erhalten und zu fördern. Deshalb müssen die von APEI beschäftigen Lehrer einheimische, ausgebildete Indianer sein. Eine pädagogische Fortbildung ist für sie verbindlich.